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科學論文和一般文章並無二致，兩者的行文架構皆必須遵循起承轉合的寫作模式。不同的是，科學論文講求結構清楚明瞭且敘述合乎邏輯，其內文佈局明朗、首尾呼應，不會出現如小說般的迂迴情結，或是來個劇末大翻盤，令讀者措手不及。此外，科學論文也要遵守一定的格式，並在字裡行間提供充足的資訊。文章風格可能會隨著期刊要求而略有差異，但大致上皆是以美國心理協會（APA ：American Psychological Association）所出版的手冊為依歸。論文結構通常包含七個部分：摘要、序論、研究方法、結果、討論、圖片，以及參考文獻。
「萬事起頭難」可說是論文寫作新手的共同心情寫照。在此建議，如果最初不知如何下筆，不妨從研究方法開始。一來是因為難度偏低，較容易建立寫作信心；二來，撰寫研究方法較不易影響整篇文章的走向，在後期撰文時，不會因其他部分的更動，而需要回頭修改。
完成研究方法後，可試著編排圖片，並依圖開始動筆撰寫結果部分。結果部分應著重於作者所觀察到的現象，不應摻雜過多臆測或推論，因此撰寫該部分時，通常不會遇到太大的困難。完成結果後，在討論部分，需要針對自身研究內容，提出幾點值得探討的議題，建議可以先條列式地將要討論的議題全數列出，再逐一深掘。
接下來的序論，便要仔細思考，用什麼樣的鋪陳來端出文章中的那盤牛肉，以引發讀者想要一探後續研究結果、圖片和討論的欲望。最後將整篇文章提煉出菁華，以極為精煉的方式寫出，就成了摘要。
參考文獻方面，建議在寫文章時就使用如Endnote這一類的書目管理軟體進行統整，如此一來，您在文章寫完的同時，參考文獻也隨之完成了。用軟體管理文獻，除了可以避免打字出錯外，若論文要再轉投其他期刊，便可有效率地轉換成與該期刊相符的格式。
以上是科學論文的寫作順序建議，供寫作新手參考。當然日後文章寫多了，自然會發展出一套獨有的撰稿方法，只要寫得自在、順手，且格式符合欲投稿期刊要求，便是水到渠成，不須再煩惱論文寫作會卡關啦！