2004年開張的 PubChem 是專門針對查詢化學分子與生物活性的搜索引擎，系統由隸屬美國國立衛生研究院（NIH）的國家生物技術資訊中心（NCBI）維護，擁有上百萬組化學結構和相關文字資料，並可免費經由FTP下載。
從網頁編排便可得知，PubChem主要有Compound、Substance、BioAssay3種資料庫：
- Compound包含結構已知且少於1000個原子和1000個化學鍵的小分子化合物
- Substance除了純化合物外，還包含混合物、萃取物、絡合物以及結構未定的物質
- BioAssay包含1644項高通量篩選計畫的生物活性數據
PubChem除了有與PubMed相似的文字搜索功能（請參考「PubMed期刊論文搜尋引擎」），還提供多種符合化學研究者需求的貼心搜索功能，例如化學結構、名稱片段、化學式、分子量、脂水分配係數、氫鍵給體和受體數等，除此之外，還可線上畫結構或片段來作搜尋，並有CID, SMILES, InChI系統可輸入和輸出所有常用化學檔案格式。
而每筆搜尋結果包含同義字、化學特性、化學結構、生物活性、相關化學結構、其他NCBI數據庫（例如PubMed）的網頁連結等有用資訊。
PubChem目前是化學界學者熟知的美國化學學會（ACS）化學文摘服務搜索系統（cas.org）的最大競爭對手。
參考資料：