大多數論文期刊採用同儕審查的方式，由該領域專家匿名審查投稿文章是否應被接受。此一過程不但曠日費時，而且消耗相當的人力。不過，同儕審查肩負了爲期刊品質把關的重責大任，因此仍是普遍受到大家認同的評選方式。
相信對不少作者而言，同儕審查是漫長而神秘的過程。其實，舉例來說，大部份生物醫學論文期刊的同儕審查過程，基本上大同小異：
作者的稿件平均被送到二位審查者手中 → 審查者給予接受、修改或退稿的建議 → 送回編輯手中。
有時因為審查者個別差異，二位審查者出現不同的審查結果，此時編輯群則必須再找第三位審查者。另外，主編有權決定是否刊登，但也有些期刊是經由編輯群或編輯會議作出決定。
大部分審查結果是「修改後再審」，很少「修改後直接刊登」，或是「直接刊登」，作者必須在收到審查結果後，根據審查者的建議和疑問，進行必要的修改，然後再送回給審查者，最後經由主編安排才會刊登。
同儕審查雖然立意良好，但在一些無可避免的主客觀條件下，常有為人所詬病的缺點：
1. 偏見：難以做到完全匿名，審查者很可能從文章內容猜出作者，聯想到作者過去的表現而影響判斷。除此之外，審查者與作者也可能主張「派系」不同，無法公平、公正看待該作品。
2. 增加時間消耗：同儕審查本來就是漫長的過程，如果首輪二位審查者意見不同，還需要加入第三位審查者意見，那審查時間必定會延長。
3. 資源有限：現在研究領域越分越精細，部分新興的研究項目 是否有足夠適當且能避嫌的審查者來審查投稿作品，確實存有疑問。
同儕審查固然有不少令人質疑的地方，目前也有針對這些問題研發出的解決方案，像是公開審查（開放審查者與作者身分）、網路投稿快速審查等。雖不敢說哪種同儕審查是百分之百完美的方式，但一般而言，同儕審查被賦予下列幾種主要功能：
1. 篩選：找出值得刊登的稿件。
2. 轉換：常有研究成果發表於期刊的作者，總是能夠使自己的文章出版，但經由同儕審查，可以決定作品會在什麼等級的期刊出版。
3. 鍛鍊：經由編輯標準和同儕審查的考驗，作者的稿件能表現得更好、更符合期刊的風格。
4. 機率：同儕審查本質上是無法預測、不可複製的，稿件會被接受，可能是因為審查者欣賞稿件的某些研究方法或試驗設計而採用，結果相當主觀。
除了這些功能，再加上審查者與作者之間來回的討論、建議與修改過程，有時甚至能激發出新的研究想法與火花，不得不承認同儕審查有其正面意義，甚至讓學術研究更上層樓，帶來知識無價的寶貴經驗呢！
參考資料：
New approaches to peer review
陸偉明，同儕審查制度。人文與社會科學簡訊，十卷四期。
林娟娟，學術期刊之同儕審查。大學圖書館第一卷第三期。
投稿前同儕審閱服務（收費專業編修服務）